Helmut Zeilner studierte an der Universität Mozarteum in Salzburg Gesang (bei Marianne Schartner und Hannelore Leiffolts), Klavier (bei Christoph Lieske und Imre Rohmann) und Chorleitung (bei Walter Hagen-Groll und Herbert Böck), sowie Musikpädagogik, besuchte zahlreiche Gesangskurse (u.a. bei Gundula Janowitz, Angelika Kirchschlager, Wolfgang Holzmair, Norman Shetier und Kurt Widmer) und Chorleiterkurse (u.a. bei Johannes Prinz, Alois Glaßner und Robert Sund) und sang in den verschiedensten Chören, wie z.B. dem Arnold Schönberg Chor, dem Salzburger Bach Chor, dem Chor des Salzburger Landestheaters und dem Jazzchor des Musischen Gymnasiums.

Seine ersten Orchestererfahrungen sammelte er als Cellist im Salzburger Leopold-Mozart-Orchester, dessen Mitglied er vier Jahre lang war. Das Jahr 1996/97 verbrachte er in Japan, wo er seitdem immer wieder Liederabende gibt und Kurse hält. Bei den Salzburger Festspielen 1999 trat er als Solist des Schönbergchores in der Uraufführung von Luciano Berios "Cronaca dei Luogo" auf. Als Gesangssol ist des Ballaststofforchesters (Filmmusik der 20er und 30er Jahre) hat er neben mittlerweile weit über hundert Konzerten mehrere Femsehaufzeichnungen sowie fünf CDs eingespielt. Auch mit seinen Liedprogrammen macht Helmut Zeilner immer wieder aufmerksam. So schrieb der "Neue Merker Wien' Ober seine Winterreise 2010: " ... Eine Stimme wie die Helmut Zeilners zu begleiten muß ein Vergnügen sein: So viele dynamische Abstufungen, unerschöpfliche Klangfarben und aussagekräftige Kontraste wollen verstärkt, verstanden und verarbeitet werden. Daß das nur mit seiner perfekten Gesangstechnik möglich ist, versteht sich von selbst ... "

Am Musikum Salzburg ist er Fachgruppenleiter für Chor und Gesang, leitet die Chorleiterausbildungsklasse und unterrichtet eine Gesangsklasse. Neben dem Kammer Chor KlangsCala leitet er seit vielen Jahren die Salzburger Chorknaben & Chormädchen, mit welchen er u.a. bei den Salzburger Festspielen, den Salzburger Kulturtagen und dem Carinthischen Sommer gastierte, und mit welchen er Konzertreisen in alle Welt unternimmt. Davor leitete er fast 10 Jahre lang Chor und Orchester der Pfarre Oberalm. Im Frühjahr 2003 gründete er das Kammerorchester Eurydike, welches mit Pergolesis "Stabat Mater" sein viel beachtetes Debüt gab und im Jahre 2004 gemeinsam mit den Salzburger Chorknaben & Chormädchen einen Zyklus mit geistlichen Kantaten von J.S. Bach begann. Im Juni 2003 dirigierte er die Salzburger Erstaufführung von Hans Werner Henzes Märchenoper "Pollicino"; im Juli desselben Jahres dirigierte er erstmals die Eröffnungsmesse des Carinthischen Sommers.

Helmut Zeilner ist seit vielen Jahren Referent bei der Salzburger Singwoche in Strobl, den Austrian Master Classes in Zell an der Pram, der Internationalen Sommerakademie Bad Leonfelden und bei zahlreichen Weiterbildungen des Chorverbandes, des Kirchenmusikreferates, des Bildungswerkes und des Pädagogischen Institutes, sowie Juror bei diversen Gesangs- und Chorwettbewerben. Seit dem Herbst 2004 ist er Landeschorleiter des Salzburger Chorverbandes.

Seine zweite große Leidenschaft neben der Musik ist die Gärtnerei. So verbringt er jede freie Minute am liebsten mit seiner Frau und seinen drei Söhnen im Garten und in den angrenzenden Wäldern.